Teknologi pembacaan urutan DNA (Sequencing Technology) mengalami perkembangan yang sangat pesat. Sequencing technology dimulai dengan Sanger Sequencing dan kemudian diikuti dengan Next Generation Sequencing yang dapat melakukan pembacaan urutan DNA yang lebih banyak dan cepat. Saat ini perkembangan sequencing technology telah sampai pada generasi ketiga (Third Generation Sequencing) dimana pembacaan urutan DNA dilakukan dengan target yang lebih panjang, menerapkan real-time analysis dan ukuran mesin yang kecil sehingga mudah dibawa kemana-mana (portable).
Salah satu teknologi yang menggunakan pendekatan Third Generation Sequencing adalah ONT (Oxford Nanopore Technology). ONT dikembangkan sebagai sebuah portable sequencing machine yang dapat digunakan secara langsung dari meja laboratorium. Mesin sekuensing ONT dengan nama Minion bahkan hanya sebesar flask disk dan dapat langsung disambungkan dengan laptop untuk dapat membaca susunan DNA. ONT juga digunakan dalam berbagai penelitian lapangan yang memungkinkan peneliti melakukan amplifikasi dan pembacaan sekuen DNA secara langsung di lapangan.
Melihat beberapa kemudahan yang ditawarkan oleh ONT, maka pendekatan ini sangat mendukung beberapa kegiatan pendataan biodiversitas di lingkungan (misalnya biodiversitas air laut dan air tawar). Pendekatan yang dipakai adalah Teknik Environmental DNA (eDNA atau DNA Lingkungan), dimana DNA organisme yang terlepas ke lingkungan dapat dideteksi dengan metode Next atau Third generation sequencing.
Salah satu dosen departemen Biologi, FSM, UNDIP yang fokus pada penelitian ekologi molekuler, Ni Kadek Dita Cahyani, baru saja menginisiasi kerjasama untuk melakukan riset DNA Lingkungan dengan pendekatan ONT (https://www.ednacollab.org/grants). Inisiasi riset ini dilakukan dengan University of Washington, Seattle, USA di bawah kolaborasi “eDNA Collaborative”. Sebagai salah satu bagian dari kegiatan kerjasama ini, Dr. Cahyani juga berkesempatan mengunjungi University of Seattle di Washington USA selama 5 hari (26-30 Juni, 2023) untuk mempelajari Teknik ONT serta proses analisis data yang diperlukan (Bioinformatika). Pada kesempatan ini juga, Dr. Cahyani membagi pengalamannya melakukan riset-riset terkait biodiversitas di Indonesia dengan pendekatan molekuler melalui program visiting scholar (https://www.ednacollab.org/scholars).
Pada kolaborasi “eDNA Collaborative” ini, data yang diambil adalah 1 liter air laut dari 10 titik di Kawasan Taman Nasional Karimunjawa untuk melihat keragaman ikan di daerah tersebut. Data ini nantinya menjadi data pelengkap bagi kegiatan visual sensus yang telah aktif dilakukan oleh Taman Nasional. Ke depan, diharapkan metode DNA Lingkungan ini bisa terus digunakan dalam pendataan biodiversitas di berbagai lokasi di Indonesia. kerjasama yang telah diinisiasi ini diharapkan bisa dilanjutkan dengan riset-riset lain yang mendukung riset biodiversitas di Indonesia dan juga mendukung SDGs goal 14 (Life below water), goal 15 (Life on land), dan goal 17 (Partnerships for the goals)